Ban đầu, Trần Thúc Bảo vẫn đang quá trình hồi phục sau chấn thương, Liễu thái hậu trở thành người nhiếp chính với sự hỗ trợ của Trần Thúc Kiên. Do Trần Thúc Bảo không ưa Thẩm hoàng hậu, bà không được phép ở cạnh ông trong thời gian hồi phục, thay vào đó là Trương quý phi. Sau khi Trần Thúc Bảo hồi phục, Liễu thái hậu trao trả lại quyền lực cho ông.

Khi Tuyên Đế qua đời, chính quyền kế thừa Bắc Chu là triều Tùy đang tiến hành tấn công Trần, song khi biết tin hoàng đế Trần qua đời, Tùy Văn Đế Dương Kiên đã quyết định lệnh cho quân đội triệt thoái vì cho rằng việc tấn công một nước vừa mất hoàng đế là không thích hợp. Tùy Văn Đế cũng phái sứ giả sang để bày tỏ thương tiếc Trần Tuyên Đế, và trong quốc thư gửi cho Trần Thúc Bản, Tùy Văn Đế dùng tên húy để gọi mình- một dấu hiệu của sự khiêm tốn. Tuy nhiên, trong bức thư hồi đáp của Trần Thúc Bảo, có một câu bị Tùy Văn Đế và Dương Tố đánh giá là ngạo mạn và hạ mình, và khiến họ cảm thấy tức giận. Tuy nhiên, vài năm sau đó, giữa hai nước vẫn tiến hành trao đổi sứ thần thường xuyên và nhìn chung có mối quan hệ hòa bình, song Tùy Văn Đế dần cho xây dựng lực lượng trên Trường Giang và lập kế hoạch cho cuộc tấn công quyết định vào Trần.

Vào mùa xuân năm 583, vì cho rằng Trần Thúc Kiên trở nên quá mạnh, theo khuyến nghị của Khổng Phạm (孔範) và Thi Văn Khánh (施文慶), Trần Thúc Bảo đã phái Trần Thúc Kiên đi làm thứ sử tại Giang châu (江州, nay gần tương ứng với Cửu Giang, Giang Tây). Sau này, Trần Thúc Bảo giữ Trần Thúc Kiên ở lại kinh thành khi trao cho Trần Thúc Kiên chức vụ mang tính danh dự là tư không (司空), song không phục hồi quyền lực cho Trần Thúc Kiên. Trong khi đó, mặc dù vẫn trong thời gian để tang Tuyên Đế, song Trần Thúc Bảo lại giành nhiều thì giờ cho yến tiệc. Khi hạ thần Mao Hỉ (毛喜) cố khuyên bảo ông thay đổi hành vi của mình, Trần Thúc Bảo đã biếm chức Mao Hỉ và phái Mao Hỉ ra ngoài kinh thành.

Khoảng tết năm 584, do lo sợ nên Trần Thúc Kiên đã tiến hành cúng tế, hy vọng rằng sẽ lại được trọng đãi. Khi sự việc bị phát giác, Trần Thúc Bảo đã tính đến việc hành quyết Trần Thúc Kiên, song sau khi Trần Thúc Kiên gợi lại chuyện hộ giá trước đây, Trần Thúc Bảo đã tha cho hoàng đệ song bãi chức.

Năm 584, Trần Thúc Bảo đã cho xây ba tòa lầu các hào hoa tráng lệ trong cung: Lâm Xuân các (臨春閣), Kết Khỉ các (結綺閣), và Vọng Tiên các (望仙閣), bản thân sống tại Lâm Xuân các, cho Trương quý phi sống tại Kết Khỉ các, còn Cung quý tần và Khổng quý tần cùng sống tại Vọng Tiên các. Ông thường dành thì giờ của mình để ngự tiệc với các phi tần, đứng hàng đầu là Trương Lệ Hoa, cũng như các thị nữ và quan lại có tài văn chương (bao gồm tể tướng Giang Tổng, thượng thư Khổng Phạm, và Vương Tha), buộc các quan lại và thị nữ này phải xướng ca hoặc viết thơ ca ngợi nhan sắc các phi tần của mình. Có hai bài ca đã trở nên hết sức nổi tiếng: Ngọc thụ hậu đình hoa (玉樹後庭花) và Lâm xuân nhạc (臨春樂), chúng được viết nhằm ca ngợi nhan sắc của Trương quý phi và Khổng quý tần.

Trần Thúc Bảo thiếu quan tâm và hiểu biết về các vấn đề chính sự quan trọng, và do ông không thể nhận thức rõ các vấn đề, ông thường để Trương Lệ Hoa ngồi vào lòng và bảo Trương Lệ Hoa (người được đánh giá là thông minh) đọc và quyết định về các sớ tấu trình lên cho mình. Trong khi đó, Khổng quý tần và Khổng Phạm (vốn không có quan hệ) bắt đầu xem nhau như huynh muội, và dùng quan hệ của họ để cùng cố quyền lực, vì thế Trương quý phi và Khổng quý tần có được quyền lực cực kỳ lớn.

Để cung cấp tài vật cho các dự án xây dựng của Trần Thúc Bảo, triều đình đã tăng thuế, và quân sĩ cùng quan lại cũng bị yêu cầu phải nộp thuế mặc dù trước đó họ được miễn, khiến bất mãn xuất hiện phổ biến trong nhiều tầng lớp. Hơn thế nữa, theo ý của Khổng Phạm, Trần Thúc Bảo đã cho chuyển nhiều quan võ thành quan văn, càng khiến cho các tướng lĩnh trở nên bất mãn.

Vào mùa xuân năm 585, Chương Đại Bảo (章大寶)- thứ sử của Phong châu (豐州, nay gần tương ứng với Phúc Châu, Phúc Kiến), bị buộc tội tham ô và đang đứng trước nguy cơ bị Lý Vựng (李暈) thay thế, tuy nhiên Chương Đại Bảo thay vào đó đã phục kích giết chết Lý Vựng, bắt đầu nổi dậy. Tuy nhiên, Chương Đại Bảo ngay sau đó đã bị đánh bại và bị giết chết.

Vào thu năm 587, trong khi Tiêu Tông ở kinh đô Tùy để yết kiến Tùy Văn Đế, chú ruột và em trai Tiêu Tông là Tiêu Nham và Tiêu Hoàn lo sợ nghi ngờ rằng tướng Tùy Thôi Hoằng Độ sẽ tấn công nên đã cùng người dân Giang Lăng đầu hàng Trần. Trần Thúc Bảo đã chấp thuận sự đầu hàng của Tiêu Nham và Tiêu Hoàn, phong họ làm thứ sử. Hành động này bị Tùy Văn Đế đánh giá là hành vi khiêu khích, và sốt sắng tiếp tục chuẩn bị tấn công Trần. Theo kế của các mưu sĩ, cứ đến mùa gặt của vùng Giang Nam, Tùy Văn Đế lại cho tập kết binh mã ở biên giới, tuyên bố chuẩn bị đánh xuống phía nam, làm cho dân Trần hoang mang sợ hãi, không dám đi gặt lúa. Đến khi quân Tùy tập trung đầy đủ quân lực để chống trả, Tùy lại không tiếp tục tấn công. Một thời gian, nền nông nghiệp Trần bị ảnh hưởng tiêu cực, sự cảnh giác của quân lính cũng nơi lỏng. Quân Tùy còn thường xuyên phái những toán nhỏ len xuống phía nam tập kích, đốt phá kho của Trần, khiến thực lực của Trần bị tổn hại.

Vào mùa xuân năm 588, tin vào lời buộc tội của Trương quý phi và Khổng quý tần rằng Thái tử Trần Dận bực tức trước việc phụ hoàng không sủng ái Thẩm hoàng hậu, Trần Thúc Bảo đã phế truất ngôi vị thái tử của Trần Dận và giáng làm Ngô Hưng vương, đưa nhi tử của Trương quý phi là Trần Thâm lên làm thái tử. Trần Thúc Bảo cũng tính đến việc phế truất Thẩm hoàng hậu và đưa Trương quý phi lên thay thế, song vẫn chưa có cớ nào để làm như vậy.